吉尔吉斯斯坦位于中亚东北部，北邻哈萨克斯坦，西南邻塔吉克斯坦，西邻乌兹别克斯坦，东南和东面与中国新疆接壤。
高山国家，山脉占国土的3/4，全境在海拔500米以上，1/3地区高达海拔3000~4000米。东北部有天山山脉，其最高点胜利峰高达7439米，是世界上最高的山峰之一。西南部为帕米尔一阿赖山脉。草地占总面积的一半。北部是阿赖山谷，西南部是费尔干纳盆地的一部分，北部是楚河和塔拉斯河谷。
属大陆性气候，温差较大。年降水量200~800毫米，高山在1000毫米以上。主要河流有锡尔河系的纳伦河，最大的湖泊是地处天山余脉之中的伊塞克湖，为淡水湖，世界第二大高原湖，另有恰蒂尔奥利湖和素恩吉奥利湖。
储量最大的矿藏有：银、锑、锡、钨、锌、铅等，其中锑产量居世界第三位，锡和汞的产量均居独联体国家的第二位。既无石油也无天然气。
植物有4000多种，珍奇动物有鹿、马熊、野猪、山猫、雪豹和猞猁。
