法属科摩罗（1887-1946）
1841年3月25日，法国买下了马约特岛，开始了殖民统治。1886年苏丹赛义德·阿里·本·奥马尔，与法国政府签署了一项协议，允许法国建立了保护地。1908年4月9日，法国宣布科摩罗成为保护地。1912年7月25日，科摩罗并入马达加斯加，成为其一个省。自1940年6月16日起至1942年，科摩罗殖民当局依然效忠于法国维希政府。1942年转向自由法国。1942年9月至1946年10月13日，与马达加斯加一起被英国占领。
法属科摩罗（1963-1973）
1961年通过议会投票取得内部自治。
科摩罗国（1973-1976）
科摩罗国（1976-1978）
1973年与法国签订协定，法国被迫承认科摩罗独立。
科摩罗伊斯兰联邦共和国（1978-1991）
1978年，艾哈迈德·阿卜杜拉在法国雇佣军的支持下发动政变夺权，反法总统阿里·萨利赫被杀。
科摩罗伊斯兰联邦共和国（1991-1996）
科摩罗伊斯兰联邦共和国（1996-2002）
上面那个版本的国旗，有个被印错的版本
安朱安岛（1997-2001）
1997年10月，安朱安岛宣布独立并希望加入法国。此后在多方斡旋下，安朱安岛一直保持着在科摩罗国内的自治地位。2008年3月25日，科摩罗政府军和非洲联盟援军对被反叛军控制的安朱安岛发动进攻。政府军成功推翻了岛上的自治政府。
莫埃利岛（1997-1998）
1997 年 8 月 11 日，莫埃利在昂儒昂岛分裂一周后脱离科摩罗。莫赫利的分裂主义领导人是成为总统的赛义德·穆罕默德·索伊夫和成为总理的索伊德里·艾哈迈德。叛乱并没有维持太久，莫埃利于 1998 年重新加入科摩罗。
科摩罗伊斯兰联邦共和国（2001-2002）
科摩罗联盟（2002至今）
国旗由一个绿色三角形、一条黄色、白色、红色与蓝色的横条所组成的旗帜，在绿色的三角形中有一个新月和四颗星，象征了科摩罗的国教为伊斯兰教，四颗星和四条横条都表达出国家的四个岛屿，黄色代表了莫埃利岛、白色代表出马约特岛、红色为安朱安岛的象征，而蓝色就是大科摩罗岛。另外，弦月抱与四颗星同时表达出国家的图腾。